Varias especies de insectos se han adaptado para hacer frente a los cultivos genéticamente modificados para producir insecticidas.
Cinco de los trece plagas de los cultivos más importantes parecen haber desarrollado inmunidad a las alteraciones de la ingeniería genética, lo que lleva a replantearse nuevas estrategias por parte de los científicos que tratan de mantenerse por delante de esta lucha constante contra las plagas. Una combinación de factores, incluyendo el uso más extendido de los cultivos transgénicos y una mayor exposición de los insectos a los pesticidas parece haber contribuido a una mayor adaptación.
Una de las técnicas más comunes utilizadas para disminuir la posibilidad de que los insectos se adapten es plantar un "refugio" de cultivos no modificados genéticamente en terrenos frente a las plantaciones transgénicas. Los insectos inmunes tendrán entonces mayor probabilidad para aparearse con los insectos no inmunes de los cultivos no modificados genéticamente, lo que resulta en una descendencia susceptible a los insecticidas.