Muchos animales de madriguera han existido, incluyendo numerosos mamíferos, insectos, anfibios, reptiles (incluyendo pequeños dinosaurios), crustáceos, gusanos, e incluso algunos peces y aves. El comienzo de la era moderna de la vida, el Fanerozoico, se define por la aparición de complejas madrigueras en el registro fósil hace 542 millones años. Se cree que los animales de madriguera pudieron haber evolucionado para defenderse contra la depredación.
Los animales de madriguera más famosos son los mamíferos, incluyendo conejos, ardillas, topos, ardillas y marmotas. La madriguera de una solo marmota ocupa 1 metro cúbico, mientras que las complejas madrigueras de los conejos pueden ocupar cientos de metros cúbicos. Algunos animales, como el topo marsupial, se han adaptado tan ampliamente en su vida bajo tierra que han perdido su visión por lo que cazan a sus presas usando sólo sus sentidos del olfato y del tacto. En Australia, los conejos fueron introducidos en el siglo XVIII y se han reproducido tanto desde entonces que ahora están fuera de control, destruyendo grandes extensiones de pastizajes lo que ha puesto en peligro de extinción a muchas otras especies.
